Sejarah UNJA dimulai sebagai teaching university dengan nama Universitas Negeri Telanaipura (UNT). Pemberian nama UNT mengikuti isi Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 25 Tahun 1963, tertanggal 25 Maret 1963. Saat diresmikan pada tanggal 1 April 1963, UNT memiliki empat Fakultas, yaitu: Fakultas Ekonomi (FE), Fakultas Hukum (FH), Fakultas Pertanian (FP), dan Fakultas Peternakan (FPt). Sejak saat itu, tanggal 1 April dijadikan sebagai tanggal Dies Natalis UNT. Tanggal tersebut tetap menjadi tanggal Dies Natalis saat UNT berganti nama menjadi Universitas Negeri Jambi. Penggantian nama menjadi Universitas Negeri Jambi (UNJA) bersamaan dengan pengesahan pendirian UNJA dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 148 Tahun 1966, tertanggal 24 Juni 1966. Keputusan Presiden tersebut berlaku surut ke tanggal 1 April 1963.

Cikal bakal UNJA sesungguhnya bermula dari sebuah perguruan tinggi swasta yang bernama Akademi Perniagaan Djambi. Akademi ini didirikan pada tahun 1960 di bawah naungan Jajasan Perguruan Tinggi Djambi. Yayasan ini dibentuk oleh tokoh masyarakat dan Pemerintahan Jambi, dan diketuai oleh R. Soedarsono yang saat itu menjabat sebagai Walikota Jambi. Pada tahun 1961, Akademi Perniagaan Djambi berubah menjadi Fakultas Ekonomi. Bersamaan dengan perubahan itu, dibuka Fakultas Hukum. Kedua fakultas tersebut berafiliasi ke Universitas Indonesia. Selanjutnya, berbekal kedua fakultas tersebut, tokoh masyarakat dan Pemerintah Daerah Jambi memperjuangkan berdirinya sebuah perguruan tinggi di Jambi

Melalui Keputusan Menteri PTIP Nomor 105 Tahun 1962, tanggal 15 Agustus1962, dibentuk Panitia Persiapan Pendirian Universitas Negeri Telanaipura (UNT). Panitia ini diketuai oleh Kolonel M. J. Singedekane, yang pada saat itu adalah Gubernur Provinsi Jambi. Panitia ini membuka dua fakultas, yaitu: Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan, sehingga saat diresmikan pada tanggal 1 April 1963, UNT memiliki empat fakultas, yaitu: Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum, Fakultas Pertaniandan Fakultas Peternakan. Penambahan fakultas kelima baru terjadi pada tahun 1982 dengan dibukanya Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 41 Tahun 1982 tentang Universitas Jambi. Selanjutnya, fakultas keenam dan ketujuh, yaitu: Fakultas Sains dan Teknologi (FST) dan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK) dibentuk pada tahun 2014 berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (Permendikbud) Nomor 19 Tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Jambi, tanggal 17 Maret 2014. Berdasarkan Permendikbud tersebut juga dibuka Program Pascasarjana (PPs). Dengan demikian, sejak tanggal 17 Maret 2014, UNJA memiliki tujuh fakultas dan satu PPs.

Saat ini, kedelapan fakultas/PPs tersebut menyelenggarakan 92 program studi, dengan rincian: 78 program akademik, 10 program vokasi, dan 4 program profesi. Program akademik terdiri dari: 54 program sarjana (S1), 19 program magister (S2), dan 5 program doktor (S3). Program vokasi terdiri dari 8 program Diploma-3 (D3) dan 2 program Diploma-4 (D4) atau Sarjana Terapan (S.Tr.). Program profesi terdiri dari: Profesi Dokter (dr.), Profesi Ners (Ns.), Profesi Insinyur (Ir.), dan
Profesi Guru (Gr.). Penyelenggaraan 92 program studi dari berbagai disiplin keilmuan pada semua jenis program dan strata pendidikan menempatkan UNJA pada posisi excellence in teaching and learning. Reputasi ini mulai dicapai UNJA sejak kepemimpinan almarhum Prof. Drs. H. Aulia Tasman, M.Sc., Ph.D. sebagai Rektor UNJA periode 2012-2016. Pada periode 2012-2014 berhasil ditingkatkan jumlah program akademik dari 33 menjadi 75 program studi dengan rincian: Program Sarjana (S1) dari 25 menjadi 52 program studi, Program Magister (S2) dari 8 menjadi 19 program studi, dan lahirnya 4 program studi Program Doktor (S3) yang diimpikan oleh UNJA sejak lama.

Penambahan program studi secara masif berawal dari penugasan Menteri Pendidikan Kebudayaan Prof. Dr. Ir. M. Nuh, DEA kepada Rektor UNJA untuk membuka Fakultas Teknik. Untuk itu, Rektor UNJA, Prof. Drs. H. Aulia Tasman, M.Sc. membentuk Tim adhoc yang diketuai oleh Prof. Drs. H. Sutrisno, M.Sc., Ph.D. Dalam audiensi dengan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Dirjen Dikti Kemdikbud), Prof. Dr. Ir. Djoko Santoso, M.Sc. menyarankan agar UNJA juga membuka Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Hal ini karena UNJA sudah menyeleggarakan Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) yang membutuhkan dukungan keilmuan natural science yang diselenggarakan oleh FMIPA. Dari kedua bentuk usulan fakultas tersebut memunculkan gagasan membentuk Fakultas Sains dan Teknologi (FST) yang mengelaborasi ilmu keteknikan (engineering and technology) dan ilmu alam (natural sciences). Pada akhir tahun 2012, keluar persetujuan Dirjen Dikti Kemdikbud untuk membentuk FST dan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FKIK). Kedua fakultas ini, masing-masing hanya terdiri dari dua program studi. FST terdiri dari Program Studi Kimia (dari rumpun keilmuan natural sciences) dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (dari rumpun ilmu terapan, engineering and technology). FKIK terdiri dari Program Studi Pendidikan Dokter (dari ilmu kedokteran) dan Program Studi Keperawatan (dari ilmu kesehatan). Agar kedua fakultas tersebut dapat segera berkembang, Tim adhoc meminta mandat atau penugasan penyelenggaraan program studi ke Dirjen Dikti Kemdikbud. Mandat pertama diterima oleh UNJA di penghujung tahun 2012 melalui surat Dirjen Dikti Kemdikbud No. 1598/E/T/2012, tanggal 28 Desember 2012. Mandat tersebut berisi penugasan dari Pemerintah Republik Indonesia kepada UNJA untuk
menyelenggarakan 15 Program Sarjana (S1), 5 Program Magister (S2), dan satu Program Doktor (S3). Mandat kedua melalui surat Dirjen Dikti Kemdikbud No. 85/E.E2/DT/2014 yang menugaskan UNJA untuk menjalankan 2 Program Diploma-3 (D3), 12 Program S1, 6 program S2, dan 3 program S3. Mandat ketiga melalui surat Dirjen Dikti Kemdikbud No. 443/E.E2/2014, tanggal 19 Mei 2014, Pemerintah RI kembali menugaskan UNJA untuk menyelenggarakan 3 Program S1.